Ce nom rappelle la mise au jour, en 1997, d'une rampe de lancement des vaisseaux faisant partie de l'ancien chantier naval du Roi, construit en 1738 et 1739, pour le compte du roi de France. C'est à cet endroit que seront bâties, entre autres, les flûtes Le Canada et Le Caribou de même que la frégate La Martre. Cette activité que rappelle également le nom de la rue voisine – la ruelle de l'Ancien-Chantier – est à l'origine d'une industrie de la construction navale qui connaîtra un essor considérable à Québec tout au long des 18e et 19e siècles.

Anciens toponymes
Avant mai 1998, la rue des Vaisseaux-du-Roi était connue comme la rue Lacroix, peut-être du nom d'un dénommé Lacroix qui a exploité un commerce très important à l'angle des rues De Saint-Vallier et Saint-Paul. Ouverte en 1755, la rue Lacroix était tout simplement le prolongement de la ruelle de l'Ancien-Chantier tracée en 1715. Le nom de la Croix Street apparaît pour la première fois sur une carte de 1842.