Ce toponyme veut rappeler le travail du curé de la paroisse de Notre-Dame-des-Victoires et de l'entrepreneur Yves Germain, qui ont uni leurs efforts pour fonder le Comptoir Emmaüs de Québec, dans les années 1960. L'église de cette paroisse, construite en 1688 sur l'emplacement de l'habitation de Champlain, était à l'origine une desserte de Notre-Dame-de-Québec, située à la haute-ville. Elle prend le nom de Notre-Dame-de-la-Victoire en 1690, au lendemain d'une victoire contre l'amiral Phips, attribuée à la protection de la Vierge. Puis, en 1711, elle est rebaptisée Notre-Dame-des-Victoires après le naufrage de la flotte de l'amiral Walker venue attaquer Québec. Ce n'est qu'en 1944, avec l'accroissement de la population de la basse-ville, que la paroisse de Notre-Dame-des-Victoires voit le jour. Elle est supprimée en 2004 et son territoire intégré à celui de Notre-Dame-de-Québec.

Ancien toponyme
La rue de Notre-Dame-des-Victoires portait auparavant le nom de rue Notre-Dame-des-Victoires, adopté en 1961. Cette appellation a été modifiée conformément aux règles d'écriture des toponymes établies par la Commission de toponymie du Québec.