Cette avenue doit son nom à Alphonse-Bénoni Dupuis, bienfaiteur de la communauté des Sœurs de la Charité de Québec. C'est grâce à sa générosité, en effet, que les religieuses peuvent faire construire l'orphelinat d'Youville à Beauport en 1925. Élevé sur un terrain donné par les sœurs de l'hôpital Saint-Michel-Archange (auj. Centre hospitalier Robert-Giffard), le nouvel établissement remplace l'orphelinat d'Youville de la rue des Glacis à Québec, construit en 1893 grâce au même donateur. Après la mort de sa femme, en 1930, Alphonse Dupuis emménage dans l'établissement qu'il a contribué à fonder à Beauport. Il y demeure jusqu'en 1945. L'orphelinat devient par la suite le Centre d'accueil Mont-D'Youville, qui fermera ses portes dans les années 1990.

Ancien toponyme
L'avenue Alphonse-Dupuis portait initialement le nom d'avenue Dupuis, adopté le 17 janvier 1972 et qui rappelait aussi le souvenir d'Alphonse-Bénoni Dupuis.