Cette dénomination veut rendre hommage aux Sœurs de la Charité de Québec qui y ont pignon sur rue depuis 1849. Cette année-là, sœur Marcelle Mallet (1805-1871) et cinq compagnes des Sœurs de la Charité ou Sœurs Grises de l'Hôpital Général de Montréal, viennent à Québec à l'invitation de l'évêque coadjuteur Mgr Pierre-Flavien Turgeon. Celui-ci confie aux religieuses la prise en charge de l'œuvre de la Société charitable des Dames catholiques de Québec. Sœur Marcelle Mallet est alors choisie, à titre de supérieure, pour jeter les bases de la Congrégation des Sœurs de la Charité de Québec (1849) qui s'occupera à la fois d'enseignement et d'œuvres caritatives. Les sœurs s'installent dans le petit orphelinat construit en 1845 par Thomas Baillairgé, à l'angle des rues Saint-Olivier et des Glacis. Puis, la construction d'un nouvel édifice englobant le premier est confiée à Charles Baillairgé. Les incendies de 1854 et de 1869, ainsi que les reconstructions ultérieures modifieront toutefois le couvent initial des Sœurs de la Charité de Québec – ou Maison Mère-Mallet – dessiné par Baillairgé, sans compter que de nouvelles acquisitions et constructions viendront s'ajouter aux bâtiments du 19e siècle. La chapelle, maintes fois incendiée et reconstruite, demeure tout de même une œuvre originale et digne d'intérêt.

Ancien toponyme
Avant 1997, la rue des Sœurs-de-la-Charité faisait partie de la rue Saint-Olivier. En 1997, on donne à la partie de rue située à l'est de l'autoroute Dufferin-Montmorency le nom de rue des Sœurs-de-la-Charité pour rendre hommage à cette communauté religieuse qui s'apprête alors à célébrer (1999) son 150e anniversaire de fondation.