Cette rue est tracée au 17e siècle sur l'ancien sentier qui conduit au fort Saint-Louis, construit par Samuel de Champlain en 1620, puis reconstruit en 1626. Son successeur, Charles Huault de Montmagny, le fait rebâtir en pierre en 1646. Puis il fait ériger à l'intérieur du fort le premier château Saint-Louis qui devient la résidence officielle du gouverneur de la Nouvelle-France. Ensuite, c'est au tour du comte de Frontenac (voir aussi De Buade) de faire reconstruire le fort et le château, de 1692 à 1700. Restauré après la Conquête, le château est détruit par les flammes en 1834 et n'est pas reconstruit. En 1986, des fouilles archéologiques entreprises sous la terrasse Dufferin permettent de trouver les vestiges des dépendances du château Saint-Louis.

Anciens toponymes
En 1691, on projette de nommer cette voie rue Major, vraisemblablement d'après le major François Provost (1638-1702) qui y possède une résidence. Mais ce nom ne réussit pas à s'imposer, tout comme la dénomination de rue du Château qu'on a utilisée pendant un certain temps. C'est l'appellation de rue du Fort qui traversera le temps.