Ce toponyme a été adopté dans le cadre de l'harmonisation des noms de rues, rendue nécessaire par le regroupement municipal du 1er janvier 2002. Il rappelle le souvenir de Marie-Françoise Giffard (1634-1657), fille de Robert Giffard (vers 1587-1668), seigneur de Beauport, et de Marie Regnouard (1599-1673). Elle naît à Québec, huit jours après l'arrivée de ses parents en Nouvelle-France, et le père Charles Lalemant (1587-1674) officie à son baptême. En 1646, Marie-Françoise entre chez les Augustines de l'Hôtel-Dieu de Québec et devient ainsi la première religieuse canadienne. Elle reçoit le nom de la première supérieure de la congrégation, Marie de Saint-Ignace. En guise de dot, son père offre à l'Hôtel-Dieu la partie est d'une terre que la Compagnie de la Nouvelle-France lui a concédée en 1647. Le nouveau fief, baptisé Saint-Ignace en mémoire de l'ancienne supérieure des Augustines, englobe les quartiers actuels de Saint-Émile et de Lac-Saint-Charles. Marie-Françoise Giffard est décédée à Québec et a été inhumée sous le chœur de la chapelle de l'Hôtel-Dieu.

Ancien toponyme
La rue Françoise-Giffard portait auparavant le nom de rue Laurentienne, adopté vers 1973. Ce nom évoque la chaîne des Laurentides.