Les limites du quartier de Saint-Émile correspondent à celles de l'ancienne ville du même nom. Son histoire remonte à 1647, année où Robert Giffard (vers 1587-1668) concède aux Augustines de l'Hôtel-Dieu la partie est d'une terre qu'il avait reçue de la Compagnie des Cent-Associés. Cette concession constitue en fait la dot que Giffard verse aux Augustines pour avoir accueilli sa fille, Françoise Giffard (1634-1657), au sein de leur communauté. Les religieuses donnent à leur nouvelle seigneurie le nom de Saint-Ignace, en hommage à la première supérieure, mère Marie de Saint-Ignace (1610-1646). En 1662, dans la partie nord, elles font ouvrir les rangs Saint-Romain et Notre-Dame-de-la-Miséricorde. C'est le long de ce dernier que se développera une petite agglomération connue d'abord sous le nom de Saint-Ignace. Dans le dernier quart du 19e siècle, plusieurs familles viennent effectivement s'établir dans le secteur, attirées par les possibilités de travail qu'offre l'industrie du cuir implantée à Saint-Ignace en 1878. En 1904, un bureau de poste y ouvre ses portes sous le nom de Saint-Émile-de-Québec. Entre 1910 et 1925, la population double pour atteindre les 700 habitants. Cette croissance justifie la création d'une paroisse religieuse, en 1925. Celle-ci est placée sous la protection de saint Émile, martyr en Afrique (vers 251), mais elle doit son nom à l'abbé Joseph-Nazaire-Émile Bédard, premier curé à y officier. La municipalité de Saint-Émile, constituée en 1929, connaît une forte croissance lorsque de nouvelles manufactures de chaussures s'y installent à partir des années 1930. Elle devient une municipalité de village en 1956, puis une ville en 1993, pour enfin être intégrée à la ville de Québec en 2002.

Le nom de la rue Saint-Émile rappelle le souvenir de Louis-Émile Giroux (1900-1955), à qui appartenaient les terrains adjacents. Né à Beauport et décédé à Villeneuve, Louis-Émile Giroux (appelé le plus souvent Émile) est maire de Beauport-Est de 1945 à 1947. Cette municipalité fondée en 1921 devient Villeneuve en 1951, année où elle compte près de 1 100 habitants. Villeneuve fait aujourd'hui partie de l'arrondissement de Beauport. Louis-Émile Giroux est le père de Paul-Émile Giroux, propriétaire de l'entreprise de transport Autobus Laval, qui assure la liaison entre Sainte-Brigitte-de-Laval et Québec.

Ancien toponyme
La rue Saint-Émile a d'abord porté le nom de rue Émile-Giroux, attribué en l'honneur de la même personne.