La rue Zacharie-Cloutier a été dénommée dans le cadre de l'harmonisation des noms de rues, rendue nécessaire par le regroupement municipal du 1er janvier 2002.

Originaire de Mortagne, au Perche, Zacharie Cloutier (vers 1590-1677), maître charpentier, est l'un des premiers colons de Beauport et l'ancêtre des Cloutier d'Amérique. Il épouse Xainte Dupont (vers 1596-1680) en 1616, à Mortagne. À l'instigation de son compatriote Robert Giffard, premier seigneur de Beauport, il immigre en Nouvelle-France en 1634, accompagné de sa femme et de leurs cinq enfants. Selon le contrat signé à Mortagne en mars 1634, Cloutier s'engage à travailler pour Giffard pendant trois ans, après quoi celui-ci lui concédera une terre dans sa seigneurie. Cette terre sera attribuée conjointement à Jean Guyon, aussi de Mortagne, arrivé en même tant que les Cloutier. En 1637, on procède au partage de la concession entre les deux familles pionnières. Zacharie Cloutier, qui ne manque pas de travail comme charpentier, n'a guère le temps d'exploiter son fief de « la Clousterie », ainsi qu'il l'a nommé. Il en concède donc une parcelle à Michel Lhomme en 1656, avant de le vendre à Nicolas Dupont de Neuville en 1670. Les époux Cloutier emménagent alors chez leur fils Zacharie à Château-Richer, où tous deux finiront leurs jours.

Le parc Zacharie-Cloutier, situé entre les rues Diane et Sylvie, occupe une partie de l'ancienne terre de Zacharie Cloutier.

Anciens toponymes
La rue Zacharie-Cloutier portait autrefois le nom de rue Saint-Paul, dont l'origine est inconnue. Ce toponyme a été remplacé par celui de rue du Perche, adopté le 13 avril 1948. Région historique de l'ouest de la France, aux limites de la Normandie et du Bassin parisien, le Perche est le lieu d'origine d'un grand nombre de familles pionnières du Québec, en particulier de Beauport, de la Côte-de-Beaupré et de l'île d'Orléans.