Ce toponyme a été adopté dans le cadre de l'harmonisation des noms de rues, rendue nécessaire par le regroupement municipal du 1er janvier 2002. Il rappelle un ancien toponyme de Saint-Émile, la route Notre-Dame de la Miséricorde, devenue plus tard la rue des Érables et, depuis 2006, la partie ouest de la rue de la Faune.

En 1647, les Augustines de l'Hôtel-Dieu reçoivent de Robert Giffard (vers 1587-1668) le fief de Saint-Ignace, où se développera notamment Saint-Émile. Les religieuses y font tracer des routes ou rangs, nommés Saint-Bonaventure, Saint-Bernard, Saint-Romain et Notre-Dame de la Miséricorde. Ce dernier vocable, qui remonterait à 1662, a été inspiré par la dénomination officielle de la congrégation : les Augustines hospitalières de la Miséricorde de Jésus. Avec le temps, le peuplement s'accroît le long du rang Notre-Dame de la Miséricorde, qui prend le nom de « village Saint-Ignace ». C'est le noyau initial de la municipalité de Saint-Émile, aujourd'hui un quartier de la ville de Québec.

Ancien toponyme
La rue de la Miséricorde portait auparavant le nom de rue Auclair, adopté probablement au début des années 1950. Il rendait hommage à Joseph Auclair, premier maire de la municipalité de Saint-Émile. La fondation de la paroisse de Saint-Émile remonte à 1925. Dès l'année suivante, des démarches sont entreprises pour l'ériger en municipalité. Des élections ont lieu le 16 octobre 1929, avant même que la municipalité n'entame son existence officielle, le 26 novembre de la même année. Joseph Auclair en est le maire jusqu'en février 1934.